La lezione è un approfondimento (FOCUS) dedicato all'analisi del microbiota intestinale e all'interpretazione del report del test SimbioalGut, con la novità della parte aggiuntiva su funghi, virus e parassiti. L'obiettivo dichiarato non è solo tecnico ma soprattutto comunicativo: fornire ai professionisti le chiavi per spiegare al cliente cos'è il microbiota, come si legge un referto e perché conviene guardare la barriera intestinale invece di dare la caccia al "singolo alimento colpevole". La relatrice parte dalle definizioni fondamentali — la differenza tra microbiota (le cellule dei microrganismi) e microbioma (il loro patrimonio genetico) — e dai numeri che hanno acceso l'interesse della ricerca: cellule microbiche fino a dieci volte quelle umane, geni fino a cento volte quelli del genoma umano, una variabilità del microbioma tra due persone che può arrivare al 30% contro lo 0,1% del DNA. Spiega perché l'esplosione degli studi degli ultimi vent'anni sia figlia del passaggio dalle colture tradizionali al sequenziamento di nuova generazione (NGS) e alla metagenomica. Il cuore della lezione è la lettura del report, sezione per sezione: gli indici di protezione e permeabilità, il meccanismo della zonulina e delle tight junctions nella sindrome del leaky gut, il ruolo del butirrato e degli acidi grassi a catena corta, il danno da lipopolisaccaridi (LPS), il rapporto Firmicutes/Bacteroidetes, la biodiversità, gli enterotipi, l'indice di longevità e tutte le sezioni sistemiche (difesa immunitaria, metabolismo, asse intestino-cervello, cuore, vie urinarie, cute, stomaco) fino alla parte micologica, virale e parassitaria. Il filo conduttore è che l'analisi non misura le sostanze ma il contributo potenziale dei batteri, e va sempre contestualizzata sui sintomi e sulla persona, a completamento — mai in sostituzione — della medicina tradizionale.
La lezione si apre con l'inquadramento dell'argomento: si parla del test SimbioalGut, cioè dell'analisi del microbiota, arricchita ora dalla parte aggiuntiva su virus, funghi e parassiti. Il focus vero è imparare a spiegare e a proporre l'analisi del microbiota intestinale alle persone. Il microbiota — concetto che quasi tutti conoscono — è l'insieme di tutti i microrganismi che vivono in simbiosi con noi: non solo batteri, ma anche altri microrganismi, per cui nel parlare con i clienti è corretto usare il termine generale "microrganismi". Un chiarimento che spesso i clienti chiedono, perché sono parole che si leggono ovunque, è la differenza tra microbiota e microbioma: si parla di microbiota quando ci si riferisce alle cellule dei microrganismi, e di microbioma quando ci si riferisce al patrimonio genetico contenuto in quei microrganismi.
Ciò che ha fatto crescere l'interesse dei ricercatori sono alcuni numeri sorprendenti. Le cellule dei microrganismi presenti nel nostro "superorganismo" sono in numero maggiore rispetto alle cellule umane, fino a un fattore di dieci volte. Se si guarda ai geni espressi da questi microrganismi, il patrimonio genetico è addirittura più di cento volte quello del genoma umano. C'è poi un dato che colpisce: la differenza di genoma umano tra due persone qualsiasi — anche di continenti diversi e fenotipicamente molto differenti — è soltanto dello 0,1%; la differenza di microbioma, invece, anche tra due persone che vivono vicine, può arrivare al 30%. È una variabilità enorme, e proprio per questo rappresenta una leva concreta su cui lavorare per avere un impatto sulla salute.
Il microbiota non è uno solo: esistono varie nicchie ecologiche, ognuna con una composizione peculiare — microbiota intestinale, cutaneo, vaginale, orale e così via. Sono così caratteristici che un campione vaginale non si confonde con uno intestinale; alcuni sono più simili tra loro (orale e intestinale) di altri (vaginale e intestinale). Il punto importante, utile anche nella comunicazione, è che questi microbioti, pur diversi, sono molto correlati e si influenzano a vicenda: una problematica cutanea (per esempio l'acne) o una disbiosi vaginale si ritrovano spesso associate a una disbiosi del microbiota intestinale, che fa un po' da padrone. Il microbiota intestinale è dunque quello portante e, al momento, il più studiato. La relatrice mostra una tabella con il numero di pubblicazioni su PubMed: circa 123.000 alla voce "microbiota", 70.500 per il "gut microbiota", 11.500 per l'orale, fino a circa 3.000 per il vaginale. Un grafico sull'andamento negli anni evidenzia un incremento incredibile delle pubblicazioni negli ultimi vent'anni: sul microbiota intestinale, di conseguenza, le conoscenze sono molto più solide.
La motivazione di questo boom è un cambiamento radicale delle tecniche di microbiologia. Nella prima parte del secolo scorso si potevano usare solo tecniche tradizionali: osservazione morfologica al microscopio, coltura batterica su terreni selettivi, studio delle caratteristiche biochimiche, oppure l'interazione antigene-anticorpo con il metodo ELISA. Dalla metà del Novecento, con una serie di scoperte — la struttura del DNA, i metodi di sequenziamento, la PCR alla base della biologia molecolare — si sono sviluppate tecnologie ad alto rendimento (high-throughput), capaci di processare tanti campioni in tempi rapidi, tra cui il Next Generation Sequencing (NGS). Per il microbiota si utilizza proprio l'NGS. La differenza con la coltura tradizionale è sostanziale: nella coltura il campione viene piastrato su un terreno selettivo, in genere in presenza di ossigeno, in condizioni molto selettive — i microbiologi stimano che meno del 2% dei batteri ambientali possa crescere in queste condizioni e che solo il 50% dei batteri umani sia coltivabile in laboratorio. L'NGS, invece, oltre a sequenziare grandi genomi in tempi ristretti, permette di individuare i batteri non coltivabili e di passare dalla genomica (il DNA di un singolo organismo) alla metagenomica (lo studio di tanti DNA presenti in un campione di feci, suolo, campione vaginale e così via), ricostruendo il rapporto tra le popolazioni batteriche.
Per i funghi si ritiene al momento preferibile restare sulle tecniche tradizionali. Le ragioni sono tre: la maggior parte delle pubblicazioni NGS riguarda i batteri; l'estrazione del DNA fungino è più difficile perché la parete dei funghi è più dura da rompere e i kit di laboratorio funzionano bene sui batteri; inoltre un'analisi NGS sui funghi restituirebbe molte informazioni poco utili, come funghi ambientali o di alimenti fermentati presenti solo in modo transiente. Per fortuna i funghi di maggiore interesse per la salute umana sono facilmente coltivabili su piastra. Da qui una conseguenza pratica: la nuova analisi che include funghi, virus e parassiti richiede un doppio campionamento, perché seguono metodiche di laboratorio diverse — i clienti ricevono quindi due provette. Anche per virus e parassiti si usano tecniche tradizionali: per i virus il riconoscimento antigene-anticorpo con ELISA (lo stesso principio dei kit per il COVID), per i parassiti i terreni selettivi e il riconoscimento al microscopio.
Il microbiota intestinale è correlato a numerose condizioni: sia strettamente gastrointestinali, sia relative a organi lontani dall'intestino (l'acne, le patologie cardiovascolari, l'asse intestino-cervello e quindi l'umore), sia sistemiche (insulino-resistenza, infiammazione cronica subclinica). Un'immagine riepiloga i sintomi possibili: squilibri ormonali, manifestazioni dermatologiche, ridotta reattività del sistema immunitario, problemi dell'apparato urogenitale e gastrointestinale, variazioni di peso (in eccesso o in difetto), disturbi cardiocircolatori e cognitivi. La relatrice propone un esempio comunicativo prezioso, perché le persone arrivano spesso chiedendo il test delle intolleranze, convinte di dover trovare "il colpevole" in un alimento o in una lista di alimenti. Il messaggio da trasmettere è di fare un passo indietro e guardare la barriera intestinale: come mettere del limone su una mano con pelle integra non provoca nulla, mentre su una ferita brucia, così un intestino sano con la mucosa integra tollera gli alimenti, mentre in presenza di leaky gut o infiammazione qualunque cibo scatena una reazione esagerata. È una chiave particolarmente utile con chi segue diete molto restrittive e si crede intollerante a un'infinità di cose: spesso, alla fine, l'unica vera intolleranza è al lattosio, la più comune.
Dal punto di vista tecnico, l'analisi restituisce il rapporto percentuale tra le popolazioni batteriche. Alla persona, però, si comunica in modo più semplice: si valuta se c'è una situazione di disbiosi o di infiammazione intestinale, che si può declinare in tre modi. Primo: carenza o assenza di batteri benefici (pochi "batteri buoni"). Secondo: presenza di specie patogene o pro-infiammatorie — l'esempio citato è Fusobacterium nucleatum, che quando compare fa raccomandare la ripetizione dell'analisi dopo sei mesi, perché correlato a problematiche oncologiche (cancro del colon-retto), a malattie infiammatorie intestinali (morbo di Crohn, colite ulcerosa) e, a livello orale, a parodontite e, in associazione ad altri batteri, a carcinomi squamocellulari del cavo orale. Terzo: sovracrescita di una specie sulle altre, cioè uno squilibrio in cui una specie prende il sopravvento — l'esempio ricorrente è la Prevotella copri al 30-40%, che significa che un terzo dei batteri intestinali è colonizzato da un'unica specie, a scapito della biodiversità. Con il nuovo SimbioalGut si aggiunge la possibilità di individuare patogeni specifici a livello di parassiti, virus o funghi.
L'analisi approfondita permette di stimare la permeabilità della barriera, la cosiddetta sindrome del leaky gut o "intestino gocciolante". Normalmente la mucosa è integra e ben chiusa; nel leaky gut è come se una maglia allargasse le sue trame, lasciando passare tossine, frammenti di alimenti e batteri, con un aumento sostanziale della reazione immunitaria. La rappresentazione di una mucosa sana mostra due elementi chiave: lo strato di muco sopra le cellule, spesso e funzionale, e i complessi proteici delle tight junctions, che tengono adesi gli enterociti. Quando il muco si assottiglia e le tight junctions non funzionano più, si verificano infiammazione e permeabilità. La prima pagina del report riassume tutto con pochi indici: un indice di protezione/effetto barriera (verde = molti batteri benefici, rosso = carenza), un indice di permeabilità/leaky gut che funziona al contrario (rosso = molti batteri correlati alla permeabilità, verde = pochi pro-infiammatori) e un indice di disbiosi riassuntivo che integra questi e le altre informazioni. Sul versante dei fattori, quelli che aumentano la funzionalità delle tight junctions sono i polifenoli, gli indoli e gli acidi grassi a catena corta; quelli che la riducono sono i lipopolisaccaridi.
Un chiarimento terminologico importante: la zonula indica una delle proteine strutturali del complesso della tight junction (le proteine ZO-1 e ZO-2), mentre la zonulina è una molecola prodotta dagli enterociti che si lega a recettori specifici e ha come segnale quello di far aprire le tight junctions, aumentando permeabilità e infiammazione. Il rilascio di zonulina è innescato da sensibilità al glutine, disbiosi, batteri pro-infiammatori (Proteobacteria come Pseudomonas fluorescens e Pseudomonas aeruginosa) o infezioni da patogeni; a livello meccanicistico la gliadina — una frazione del glutine — si attacca al recettore e induce il rilascio di zonulina nel lume intestinale, con conseguente apertura delle giunzioni e leaky gut. I test diretti della zonulina possono essere fecali (meno accurati, perché una quota di zonulina è fisiologicamente presente nelle feci) o sierici (il problema vero è quando la zonulina passa le giunzioni e arriva nel sangue). Il report SimbioalGut non misura direttamente la zonulina, ma la deriva in modo indiretto dall'indice di sensibilità al glutine e dall'infiammazione. Altri marcatori indiretti di infiammazione intestinale sono la calprotectina fecale e l'indolo/scatolo nelle urine: dicono che c'è infiammazione, ma non quali batteri la sostengono né come intervenire. La relatrice usa l'analogia del campanello d'allarme (come una proteina C reattiva alta nel sangue): segnala che qualcosa non va, poi con l'analisi del microbiota si va a vedere il perché e come lavorare.
Una delle domande da porsi leggendo il report è se ci siano abbastanza batteri capaci di produrre butirrato, indoli o di indicare la presenza di polifenoli. Queste informazioni si trovano nelle sezioni dedicate: integrità della barriera (sezione 1), micronutrienti (sezione 4), sistema di difesa/antiossidante (sezione 6). Il butirrato è centrale perché aiuta l'integrità intestinale; insieme ad acetato e propionato fa parte degli acidi grassi a catena corta, ma è il più importante, tanto da essere l'indice-guida. Nel report compaiono anche l'indice degli esopolisaccaridi (altra sostanza benefica) e quello dei batteri che favoriscono la produzione di alcune vitamine, in particolare la B6 e la B9 (folati): se presenti compare una sorta di "plus", altrimenti si è nella media della popolazione, il che non è un problema. Un concetto che la relatrice sottolinea, perché non intuitivo per i clienti: l'analisi non quantifica direttamente le sostanze (butirrato, istamina, glutine), ma valuta il contributo potenziale dei batteri a produrle o gestirle. Si guarda cioè cosa fanno e quali batteri ci sono, non la concentrazione della molecola.
I fattori che aumentano la permeabilità sono soprattutto zonulina, lipopolisaccaridi (LPS) e citochine/interleuchine pro-infiammatorie. Gli LPS sono frammenti della parete dei batteri Gram-negativi; nell'indice dedicato vengono considerati tutti i batteri che ne possiedono nella parete. È stato osservato che, in presenza di molti LPS, interventi come la dieta mediterranea e l'uso di alcuni probiotici e prebiotici portano a una riduzione degli LPS e a un aumento della funzionalità delle tight junctions. Il meccanismo del danno è a cascata: gli LPS aumentano la permeabilità intestinale, superano la barriera, entrano nel circolo sistemico, attivano i macrofagi e le cellule dendritiche (immunità innata) e stimolano il rilascio di citochine pro-infiammatorie. Se gli LPS sono elevati si può quindi parlare di infiammazione, con il rischio di un'infiammazione cronica di basso grado. Nella sezione micronutrienti, oltre ai benefici, compaiono infatti i batteri produttori di LPS e quelli produttori di nitriti e acido solfidrico, anch'essi con funzione infiammatoria, per i quali il report suggerisce strategie di riduzione.
La diversità delle popolazioni microbiche si legge a più livelli tassonomici: si parte dai phyla batterici (come guardare le cose a occhio nudo) per scendere via via fino a genere e specie (come passare al microscopio). Il primo grafico confronta la situazione della persona con il riferimento di un intestino in equilibrio. La relatrice usa l'analogia della nazionalità: come un territorio ospita italiani, spagnoli, tedeschi, così l'intestino ospita phyla diversi. Le due popolazioni cardine sono i Firmicutes e i Bacteroidetes, che insieme occupano circa l'80-90% del totale e devono restare in equilibrio: più il loro rapporto è vicino a 1, più il "mirino" del grafico a triangolo resta centrato nel verde. Una prevalenza di Firmicutes si associa a maggiore efficienza metabolica, cioè a batteri che favoriscono l'assorbimento e l'estrazione di calorie dagli alimenti, e quindi — secondo i primi studi, oggi in parte contraddetti — a un aumento di peso e all'obesità. Una prevalenza di Bacteroidetes indica invece una tendenza verso lo stato infiammatorio intestinale, che se molto marcato può accompagnare malattie infiammatorie croniche. Attenzione anche al caso opposto: se il mirino scivola in basso significa che le due popolazioni sono sì equilibrate tra loro, ma inferiori all'80% atteso, perché è aumentata un'altra popolazione — spesso i Proteobacteria (le strisce arancioni) o, peggio, i Fusobacteria, segnalati con un triangolo di allarme. I Proteobacteria possono essere presenti anche in un intestino equilibrio: conta la quantità. Le popolazioni minori (Actinobacteria, Verrucomicrobia e altre) devono comparire come piccole strisce, non assenti. Infine, un caso apparentemente contraddittorio: Firmicutes alti in persone magre. Gli studi sono discordanti; le spiegazioni possono essere una patologia con malassorbimento, un adattamento fisiologico (gli sportivi "selezionano" batteri che recuperano energia, utile finché si allenano ma sfavorevole se diventano sedentari) o un meccanismo di compensazione in chi fa diete molto restrittive.
Scendendo al livello di genere e specie, il report mostra una tabella con le prime specie in graduatoria: una sorta di fingerprinting individuale. L'indice di biodiversità (indice di Pielou) non misura solo il numero di specie ma anche la loro equa distribuzione: un valore vicino a 0 indica un'unica specie dominante, un valore vicino a 1 una distribuzione equilibrata. Una buona distribuzione vede le prime specie intorno al 6-7%; una Prevotella copri al 25-50% indica invece il sopravvento totale di quella specie. Segue l'informazione sull'enterotipo: i batteri intestinali umani si raggruppano in tre grandi tipi. L'enterotipo 1 (prevalenza di Bacteroides) è tipico della dieta occidentale, ricca di proteine, grassi, carboidrati e cibi processati, ma non è necessariamente negativo. L'enterotipo 2 (prevalenza di Prevotella) è spesso legato a carboidrati semplici e complessi, ma anche a un buon apporto di fibre. L'enterotipo 3 (Ruminococcus) è il meno stabile: può cambiare a distanza di sei mesi, mentre gli altri due sono più difficili da spostare. L'enterotipo, da solo, è un'indicazione e non dice se la situazione sia positiva o negativa. Un esempio interessante è quello di un vegano risultato con enterotipo Bacteroides a causa di una disbiosi grave: consumava solo cibi processati da supermercato e grassi idrogenati. Chiude la pagina l'indice di longevità, un indice "positivo": un valore basso significa semplicemente che si è nella media della popolazione, mentre un valore alto indica la presenza di batteri trovati nei centenari e nelle popolazioni longeve. Lo studio di riferimento distingue invecchiamento precoce e invecchiamento fisiologico sano: nel primo i batteri patogeni aumentano rapidamente e i benefici calano in fretta; i batteri raggruppati nei gruppi 1 e 3 sono tipici dei longevi sani, quelli del gruppo 2 (patogeni/infiammatori) dell'invecchiamento precoce. In ottica di longevità occorre quindi abbassare i pro-infiammatori e i patogeni e favorire i gruppi benefici.
La sezione 6 (sistema di difesa) contiene l'indice di stress ossidativo, relativo ai batteri protettivi che producono antiossidanti o metabolizzano i polifenoli (resveratrolo, curcumina, fitoestrogeni), con un'azione metabolica utile anche in ottica di longevità. C'è una doppia faccia: i polifenoli preservano l'integrità della barriera e fanno aumentare i batteri benefici, e a loro volta i batteri benefici aiutano a metabolizzare correttamente i polifenoli, promuovono la crescita di lattobacilli e bifidobatteri e svolgono un'azione antibatterica verso alcuni patogeni. È una leva comunicativa efficace con chi assume integratori e probiotici ma non cura la dieta: senza collaborazione tra integrazione e stile di vita, l'effetto è limitato. Il secondo indice della sezione riguarda la modulazione del sistema immunitario: il microbiota, soprattutto nei primi anni di vita, funziona come una "palestra" che allena il sistema di difesa a riconoscere i batteri buoni (produzione di citochine anti-infiammatorie) e quelli cattivi (citochine infiammatorie). La sezione patogeni elenca in tabella i batteri: se presenti compare un alert e, a seconda del tipo, si adottano probiotici specifici che competono con loro oppure una vera pulizia intestinale con verifica successiva (come per Fusobacterium nucleatum). Tra i patogeni citati, il Clostridium perfringens si contrae spesso per infezioni nosocomiali (ospedale), altri da alimenti conservati male, acqua non sicura o viaggi. La sezione metabolismo ha due indici: efficienza metabolica (batteri capaci di estrarre calorie dai macronutrienti — un problema nel sedentario, un adattamento nello sportivo o in forte restrizione calorica) e metabolismo del glucosio (batteri correlati a infiammazione cronica di basso grado, dismetabolismo, sensibilità ai picchi glicemici). Il meccanismo: batteri infiammatori e LPS, con intestino permeabile, alimentano un'infiammazione cronica di basso grado che aumenta il tessuto adiposo (numero e dimensione delle cellule), determina infiltrazione di macrofagi anche nel muscolo e favorisce la steatosi epatica (fegato grasso). La sezione 9 riguarda l'asse intestino-cervello, la cui comunicazione è nota a tutti (la "stretta allo stomaco" prima di un esame o di un colloquio): comprende batteri legati alla sensibilità allo stress e batteri implicati nel metabolismo dei neurotrasmettitori (serotonina, BDNF, GABA) e nel destino del triptofano. Il triptofano è il precursore della serotonina (e quindi della melatonina), ma può essere deviato dai batteri verso la produzione di indoli e chinurenina: le tre vie devono restare in equilibrio, altrimenti si associano a malattie infiammatorie croniche (Crohn, colite ulcerosa) o alla sindrome dell'intestino irritabile (IBS con prevalenza di diarrea o di stipsi). Tra gli interventi: supplementazione di triptofano, uso di lattobacilli, inserimento di crucifere nella dieta. È una leva utile anche per il tema del sonno: integrare triptofano anziché melatonina diretta.
La sezione intestino-cuore presenta indici di batteri protettivi o dannosi per il sistema cardiovascolare, legati al discorso dell'endotossemia da LPS (elevati nelle arterie aterosclerotiche, assenti nei soggetti sani). Un terzo indice riguarda la biosintesi di TMAO (ossido di trimetilammina): la sua sintesi richiede due condizioni, la presenza di substrati (colina, betaina, L-carnitina, contenuti soprattutto in carni rosse, uova e integratori) e la presenza di batteri specifici capaci di trasformarli in trimetilammina, poi ossidata a livello ematico in TMAO, che aumenta il rischio cardiovascolare. Se quei batteri sono assenti non c'è rischio dagli alimenti incriminati; se presenti, occorre ridurli. Non ha però senso eliminare questi alimenti per tutti: vegetariani, vegani, donne in gravidanza o in allattamento possono avere bisogno della colina. La sezione 11 riguarda l'infiammazione cutanea: un'infiammazione intestinale disregola il sistema immunitario e può ripercuotersi come infiammazione sistemica e sensibilità cutanea, tramite le citochine pro-infiammatorie; va letta in ottica di prevenzione, come campanello d'allarme, dato che il report non guarda direttamente la cute. Le vie urinarie prevedono l'indice dei calcoli renali (batteri che metabolizzano gli ossalati: molti ossalati intestinali possono complessarsi con il calcio e formare calcoli di ossalato di calcio; da contestualizzare con consumo di acqua, calcio, vitamina C e predisposizione anatomica) e un "discorso serbatoio": i batteri intestinali possono traslocare e colonizzare le vie urinarie, con differenze anatomiche tra uomo e donna. I disturbi gastrici si leggono in modo indiretto (ogni tratto del tubo digerente ha il proprio microbiota): si osservano i batteri intestinali che possono modificare l'ambiente gastrico, e nello specifico si cercano tracce di batteri come Helicobacter pylori che possono colonizzare lo stomaco. L'ultima sezione è dedicata a funghi, virus e parassiti: una tabella dei generi di funghi (pallino rosso se presenti, grigio se assenti) e un antimicogramma, che approfondisce le sole Candida (per esempio Candida albicans) testandone la sensibilità ai farmaci antifungini più comuni tramite dischetti sulla piastra (alone di inibizione → farmaco "sensibile" ed efficace, oppure "resistente"). Chiudono la presenza/assenza dei tre virus più comuni e dei parassiti (ossiuri, tipici dei bambini, tenie, amebe).
Riassumendo, dal report si possono ricavare: il grado di disbiosi della persona (eubiosi, lieve disbiosi, forte disbiosi), l'eventuale carenza di batteri benefici, la presenza di microrganismi patogeni o pro-infiammatori, lo squilibrio con specie dominanti, e la presenza di batteri, funghi, parassiti o virus che predispongono a intolleranze, allergie, malattie autoimmuni, patologie metaboliche, sindrome dell'intestino irritabile, malattie infiammatorie croniche intestinali, patologie cardiovascolari, squilibri dell'umore e patologie cutanee. L'analisi si consiglia in particolare a chi arriva con sintomi intestinali senza una diagnosi certa, a chi ha già fatto molte analisi e vuole capirci di più, o in affiancamento a terapie e analisi mediche: il professionista lavora infatti per completare la medicina tradizionale, non per sostituirla, anche per non impaurire le persone. Vale sempre il principio comunicativo di partenza: davanti a sospette intolleranze o allergie non si dà la colpa al singolo alimento, ma si guarda la barriera intestinale e l'eventuale infiammazione cronica di basso grado, per risalire alla causa, trovare la soluzione e fare prevenzione — anche sulla difficoltà a perdere peso e sui disturbi dell'umore.