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<h2>In sintesi</h2>
<p>Il deck accompagna passo passo il referto <strong>symbyo ALLGUT</strong> di Personal Next – Precision Medicine (marchio Next Genomics), il test di sequenziamento NGS del microbiota intestinale, e mostra <strong>come spiegarne l&#39;utilità</strong> a un cliente o paziente. La prima parte inquadra il microbiota (cos&#39;è, dove si trova, perché la ricerca è esplosa) e il salto tecnologico dalla coltura su piastra alla metagenomica. La seconda parte, molto più corposa, smonta il referto <strong>sezione per sezione</strong> (dalle 14 aree del report), collegando ciascun indice numerato a un meccanismo biologico e, soprattutto, a una <strong>azione pratica</strong> (&quot;Cosa fare?&quot;). Il filo conduttore è la <strong>catena causale disbiosi → permeabilità (leaky gut) → infiammazione cronica di basso grado → patologie sistemiche</strong> in organi anche lontani dall&#39;intestino (cuore, cervello, pelle, vie urinarie, tessuto adiposo). Il valore aggiunto delle slide rispetto alla lezione parlata sono i <strong>referti reali con valori percentuali</strong>, le <strong>tabelle di specie con le loro correlazioni cliniche</strong>, i grafici (istogrammi Phyla, triangolo Firmicutes/Bacteroidetes, indice di Pielou, antimicogramma) e gli schemi molecolari delle tight junction, dell&#39;asse TMAO e del metabolismo del triptofano, tutti corredati da citazioni bibliografiche puntuali.</p>
<h2>Concetti chiave</h2>
<ul>
<li><strong>Microbiota</strong>: l&#39;insieme di tutti i microrganismi che vivono in simbiosi con noi — non solo batteri, ma anche <strong>Archaea, funghi, parassiti e virus</strong>. Le cellule microbiche superano quelle umane (fino a 10×).</li>
<li><strong>Microbioma</strong>: l&#39;insieme dei <strong>geni</strong> di quei microrganismi, circa 100× i geni umani. Mentre il genoma umano è identico al <strong>99,9%</strong> fra due persone, il microbioma è condiviso solo al <strong>70%</strong>: è la nostra &quot;impronta&quot; più personale e modificabile.</li>
<li><strong>Nicchie ecologiche</strong>: ogni distretto (intestinale, cutaneo, orale, vaginale, urine, lacrime) ha una composizione propria di phyla, dominata da combinazioni diverse di Firmicutes, Bacteroidetes, Actinobacteria, Proteobacteria e altri.</li>
<li><strong>Metagenomica</strong>: il passaggio dallo studio di un <strong>singolo organismo</strong> (genomica) a <strong>tante specie insieme</strong> (metagenomica), reso possibile dall&#39;<strong>NGS (Next Generation Sequencing)</strong>; permette di individuare anche i batteri non coltivabili in laboratorio.</li>
<li><strong>Disbiosi</strong>: alterazione dell&#39;equilibrio microbico (per rapporto tra specie, carenza di benefici, sovracrescita o presenza di patogeni), contrapposta all&#39;<strong>eubiosi</strong> (benessere).</li>
<li><strong>Integrità di barriera vs permeabilità (leaky gut)</strong>: la tenuta della parete intestinale dipende dallo <strong>spessore del muco</strong> e dalla <strong>funzionalità delle tight junction</strong>; quando si allentano, sostanze dannose passano nel sangue e innescano infiammazione.</li>
<li><strong>SCFA (acidi grassi a catena corta)</strong>: butirrato, acetato, propionato; il <strong>butirrato</strong> è la principale fonte energetica degli enterociti e il grande protettore della barriera.</li>
<li><strong>Zonulina, LPS, infiammazione</strong>: i tre principali <strong>apri-cancello</strong> che disattivano le tight junction e aumentano la permeabilità.</li>
<li><strong>Asse intestino-organo</strong>: connessioni bidirezionali intestino–cervello, intestino–cuore, intestino–pelle, intestino–vie urinarie, mediate da molecole segnale, metaboliti e cellule immunitarie.</li>
<li><strong>Approccio &quot;leggi tutto il report&quot;</strong>: nessun indice va interpretato da solo; gli assi e le sezioni si condizionano a vicenda.</li>
</ul>
<h2>Sviluppo</h2>
<h3>1. Cos&#39;è il microbiota e la distinzione microbiota/microbioma</h3>
<p>Le slide di apertura definiscono il microbiota come la comunità di microrganismi simbionti e ne elencano i cinque regni (batteri, archaea, funghi, parassiti, virus), richiamando la celebre copertina di <em>Nature</em> sull&#39;&quot;Human microbiota&quot;. Il dato d&#39;impatto arriva dall&#39;illustrazione di R. Knight e B. Buhler (<em>Follow Your Gut</em>, TED book 2015): le cellule microbiche possono essere <strong>fino a 10 volte</strong> le cellule umane (microbiota), i loro geni <strong>100 volte</strong> i nostri (microbioma). La chiusura è il messaggio-chiave per il cliente: due esseri umani condividono il <strong>99,9%</strong> del genoma ma solo il <strong>70%</strong> del microbioma. È qui che si gioca la medicina di precisione.</p>
<p>La slide &quot;Dove si trova il microbiota?&quot; usa i grafici a torta di Spor et al. (<em>Nature Reviews Microbiology</em>, 2011) posizionati sulle diverse aree del corpo: si vede a colpo d&#39;occhio come la composizione dei phyla (Firmicutes, Bacteroidetes, Actinobacteria, Proteobacteria, Fusobacteria, Cyanobacteria) cambi radicalmente tra condotto uditivo, bocca, esofago, tratto gastrointestinale, pelle, narici, genitali. Il tratto gastrointestinale spicca per l&#39;alta quota di Bacteroidetes (giallo).</p>
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<img src="/campus/assets/slide/slide-focus-microbiota-plus/fig-01-nicchie-microbiota.png" alt="Composizione dei phyla nelle diverse nicchie corporee">
<figcaption>Ogni nicchia ecologica del corpo (condotto uditivo, bocca, esofago, tratto gastrointestinale, pelle, narici, genitali) ha una composizione di phyla propria: i grafici a torta di Spor et al. (2011) mostrano come Firmicutes, Bacteroidetes, Actinobacteria, Proteobacteria, Fusobacteria e Cyanobacteria varino radicalmente da distretto a distretto.</figcaption>
</figure><h3>2. Perché la ricerca è esplosa: dalla coltura all&#39;NGS</h3>
<p>Una tabella riporta le pubblicazioni indicizzate su PubMed: <strong>~123.000</strong> per &quot;microbiota&quot;, di cui <strong>~70.500</strong> per il solo &quot;gut microbiota&quot;, poi a scalare oral (~11.500), skin (~4.000), vaginal (~3.000), urine (~1.600), eye (~700). Il grafico di Bendriss et al. (2021) mostra la curva delle pubblicazioni mondiali sul microbiota: piatta fino ai primi anni 2000, poi un&#39;impennata esponenziale che tocca oltre <strong>16.000 lavori/anno</strong> intorno al 2019 (annotazione 10.546 su un punto della curva).</p>
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<img src="/campus/assets/slide/slide-focus-microbiota-plus/fig-02-pubblicazioni-pubmed.png" alt="Tabella del numero di pubblicazioni su PubMed per tipo di microbiota">
<figcaption>Numero di pubblicazioni indicizzate su PubMed per distretto: il microbiota intestinale ("gut", ~70.500) domina largamente la ricerca rispetto a orale, cutaneo, vaginale, urinario e oculare.</figcaption>
</figure><figure>
<img src="/campus/assets/slide/slide-focus-microbiota-plus/fig-03-crescita-pubblicazioni.png" alt="Curva di crescita delle pubblicazioni mondiali sul microbiota">
<figcaption>Andamento storico delle pubblicazioni mondiali sul microbiota (Bendriss et al., 2021): piatto fino ai primi anni 2000, poi crescita esponenziale che supera i 16.000 lavori/anno verso il 2019 — l'effetto del passaggio dalla coltura all'NGS.</figcaption>
</figure><p>La causa di questa esplosione è il <strong>cambiamento radicale delle tecniche</strong>. La timeline (da 1676 a 2015) segna le tappe: Leeuwenhoek osserva il microbiota orale (1676), Koch isola con colture solide (1888), Winogradsky (1931), Woese propone l&#39;rRNA come marcatore tassonomico (1977), Sanger sequenzia il DNA (1980), Mullis sviluppa la PCR (1990), Handelsman conia &quot;metagenomica&quot; (1998), primo sequenziatore NGS Roche (2005) e Solexa/Illumina (2006), Human Microbiome Project (2008), PacBio (2011), Ocean Sampling Day (2015).</p>
<p>Il limite del vecchio paradigma è quantificato nella slide &quot;Coltura su piastra&quot;: i microbiologi stimano che si possa coltivare in laboratorio <strong>meno del 2% dei batteri ambientali</strong> e <strong>circa il 50% dei batteri umani</strong> (Wade, <em>J R Soc Med</em>, 2002). L&#39;<strong>NGS</strong> supera questo collo di bottiglia: sequenzia grandi genomi ad alto rendimento (<strong>high-throughput</strong>), rileva anche i non coltivabili e permette di studiare i <strong>rapporti tra popolazioni</strong> batteriche. Per <strong>funghi</strong> l&#39;estrazione del DNA è più difficile (parete resistente da rompere) e la maggior parte delle pubblicazioni NGS riguarda ancora i batteri; <strong>virus e parassiti</strong> si indagano invece con ELISA (antigene-anticorpo) e con terreni selettivi + microscopia.</p>
<h3>3. Il microbiota intestinale e la sua influenza sistemica</h3>
<p>Lo schema di Schroeder &amp; Bäckhed (<em>Nature Medicine</em>, 2016) è centrale: il microbiota intestinale è correlato a condizioni <strong>gastrointestinali</strong> ma anche a organi lontani — <strong>cervello</strong> (disturbo dello spettro autistico, stress, ictus), <strong>polmone</strong> (asma allergica), <strong>fegato</strong> (NAFLD/NASH), <strong>pelle</strong> (dermatite atopica), <strong>tessuto adiposo</strong> (infiammazione, obesità) e <strong>whole body</strong> (diabete tipo 2, lupus, malnutrizione, aterosclerosi). La versione &quot;Non solo per il benessere intestinale&quot; traduce il concetto in linguaggio clinico per il cliente, mappando i sintomi per distretto: equilibrio ormonale (insulino-resistenza, osteoporosi, tiroide), area dermatologica (psoriasi, eczema, vitiligine, invecchiamento), sistema immunitario (artrite reumatoide, allergie, autoimmunità), urogenitale (calcoli, cistiti, candidosi), cognitivo (stress, umore), cardiocircolatorio e gastrointestinale.</p>
<p>La <strong>metafora del limone nella mano</strong> chiude l&#39;inquadramento: il succo di limone brucia solo se c&#39;è una ferita, altrimenti no; allo stesso modo un alimento dà fastidio solo se l&#39;intestino è già infiammato. Quindi <strong>non è (sempre) colpa del singolo alimento</strong>: bisogna guardare lo stato della barriera.</p>
<h3>4. Cosa legge l&#39;analisi del microbiota: due livelli di lettura</h3>
<p>A un <strong>primo livello</strong> il test dice: in che rapporto percentuale stanno i batteri fra loro, se c&#39;è <strong>disbiosi</strong>, se mancano batteri benefici (es. <em>Bifidobacterium spp.</em>), se ci sono specie patogene o pro-infiammatorie (es. <em>Fusobacterium nucleatum</em>), se una specie sovracresce sulle altre (es. 30% di <em>Prevotella copri</em>) e se sono presenti <strong>funghi, lieviti, virus o parassiti</strong> (dominio esclusivo del pannello ALLGUT). A un <strong>secondo livello</strong> (con lo schema di Schroeder &amp; Bäckhed che collega dieta e segnali ambientali ai metaboliti LPS/acidi biliari/SCFA/trimetilammina): permeabilità della barriera (leaky gut), batteri che rilasciano <strong>sostanze protettive</strong>, batteri pro-infiammatori/patogeni che generano infezioni o <strong>metaboliti tossici</strong>, e batteri correlati a patologie di organi lontani.</p>
<h3>5. Sezione 1 del referto — Integrità della barriera intestinale</h3>
<p>La barriera è formata da cellule tenute insieme da <strong>giunzioni serrate (tight junction)</strong> e rivestite da uno <strong>strato di muco</strong>. Muco spesso + giunzioni funzionanti = intestino sano che blocca le sostanze nocive; muco assottigliato + giunzioni allentate = intestino <strong>permeabile</strong>, che lascia passare sostanze dannose nel sangue con conseguente infiammazione: la <strong>sindrome del leaky gut</strong>. Lo schema &quot;sano vs infiammato&quot; contrappone i due scenari (verde vs rosso).</p>
<figure>
<img src="/campus/assets/slide/slide-focus-microbiota-plus/fig-04-barriera-sano-infiammato.png" alt="Confronto tra barriera intestinale sana e infiammata">
<figcaption>Barriera intestinale a confronto: a sinistra (sano) muco spesso ed enterociti sigillati dalle tight junction bloccano il passaggio; a destra (infiammato) muco assottigliato e giunzioni allentate lasciano traslocare batteri e tossine nel sangue — la sindrome del leaky gut.</figcaption>
</figure> Nel **referto esempio** i due misuratori a barra colorata riportano: **Protezione / Effetto barriera 23,80%** e **Permeabilità intestinale (leaky gut, TJ-proteins, zonula occludens) 30,58%**. I due parametri hanno scale a colori **opposte** (per la protezione il verde è a destra/alto, per la permeabilità il verde è a sinistra/basso), un dettaglio da spiegare bene al cliente per non fraintendere i colori.<h3>6. Relazione tra microbiota e permeabilità: i fattori delle tight junction</h3>
<p>Lo schema di Violi et al. (<em>Nature Reviews Cardiology</em>, 2022) è la figura più ricorrente del deck. Distingue <strong>upregulation</strong> (giunzioni serrate, funzionanti) e <strong>downregulation</strong> (giunzioni aperte). I fattori sono:</p>
<ul>
<li><strong>Tight junction serrate (funzionanti)</strong>: <strong>polifenoli</strong>, <strong>indoli</strong> e derivati, <strong>SCFA</strong>, poliammine — agiscono su JAM, claudine, occludina, ZO1/ZO2, E-caderina.</li>
<li><strong>Tight junction aperte (non funzionanti)</strong>: <strong>LPS</strong> (via TLR4), <strong>zonulina</strong> (via PAR2/EGFR con PKC fosforilata), <strong>infiammazione</strong> (citochine IL-1β, IFN-γ, TNF).</li>
</ul>
<figure>
<img src="/campus/assets/slide/slide-focus-microbiota-plus/fig-05-tight-junction.png" alt="Schema molecolare della regolazione delle tight junction">
<figcaption>Lo schema di Violi et al. (2022) distingue upregulation e downregulation delle proteine di giunzione: a sinistra polifenoli, indoli, SCFA e poliammine rinforzano JAM, claudine, occludina, ZO1/ZO2 ed E-caderina; a destra LPS (via TLR4), zonulina (via PAR2/EGFR con PKC fosforilata) e le citochine IL-1β/IFN-γ/TNF le disgregano.</figcaption>
</figure><p>Da qui le domande operative: ci sono abbastanza batteri <strong>produttori di butirrato</strong>, produttori di <strong>indoli</strong>, biomarcatori di presenza di <strong>polifenoli</strong>? E, dal lato opposto, ci sono batteri che <strong>stimolano il rilascio di zonulina</strong>, che <strong>aumentano LPS</strong>, che <strong>predispongono alla risposta infiammatoria</strong>? Le informazioni si incrociano tra Sezione 1 (barriera), Sezione 4 (micronutrienti), Sezione 5 (sensibilità) e Sezione 6 (sistema di difesa).</p>
<p><strong>Butirrato / SCFA</strong> (Martin-Gallausiaux et al., <em>Proc Nutr Soc</em>, 2021): principale fonte di energia per enterociti e cellule del colon, promuove la funzionalità di barriera, modula il sistema immunitario e l&#39;espressione genica (fattori di attivazione epigenetici). <em>Cosa fare</em>: se il test rileva carenza di batteri butirrato-produttori → <strong>aumentare le fibre</strong> nella dieta.</p>
<p><strong>Polifenoli</strong> (Wang et al., <em>Antioxidants</em>, 2022): promuovono la crescita di lattobacilli, bifidobatteri e altri benefici, con <strong>azione antibatterica</strong>. <em>Cosa fare</em>: se carenza di benefici → aumentare polifenoli; in presenza di patogeni, ad esempio l&#39;<strong>EGCG</strong> inibisce la crescita di <em>Staphylococcus spp.</em> ed <em>E. coli</em>.</p>
<p><strong>Indoli</strong> (De Juan &amp; Segura, <em>Front Immunol</em>, 2021): derivano dalle <strong>crucifere</strong> (metabolizzate nello stomaco a DIM, ICZ) e dal <strong>triptofano</strong> metabolizzato dai <em>Lactobacilli</em>. Si legano ai recettori degli <strong>idrocarburi arilici (AhR)</strong> attivando fattori di trascrizione della &quot;difesa&quot;: modulazione immunitaria, produzione di <strong>peptidi antimicrobici</strong>, mantenimento delle tight junction. <em>Cosa fare</em>: se permeabilità + patogeni → inserire crucifere + alimenti ricchi di triptofano + lattobacilli.</p>
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<img src="/campus/assets/slide/slide-focus-microbiota-plus/fig-06-indoli-triptofano.png" alt="Vie di produzione degli indoli da crucifere e triptofano">
<figcaption>Due vie generano gli indoli: le crucifere apportano I3C metabolizzato nello stomaco a DIM e ICZ; il triptofano viene convertito dai batteri (Lactobacillus e specie che esprimono triptofanasi) in indolo e derivati (IAA, IPA, I3S) — molecole che attivano l'AhR e proteggono la barriera (De Juan & Segura, 2021).</figcaption>
</figure><p><strong>Zonulina</strong> (Jauregi-Miguel, <em>Int Rev Cell Mol Biol</em>, 2021): rilasciata dagli enterociti in risposta a <strong>sensibilità al glutine</strong>, <strong>disbiosi</strong>, batteri pro-infiammatori (<em>Proteobacteria</em>, <em>Pseudomonas fluorescens</em>, <em>Pseudomonas aeruginosa</em>) e infezioni da patogeni; legandosi ai suoi recettori fa <strong>perdere funzionalità</strong> alle tight junction. <em>Cosa fare</em>: inserire <em>L. rhamnosus</em> e <em>L. fermentum</em> (degradano i peptidi immunogenici del glutine), ridurre il glutine, applicare strategie per abbattere i patogeni (antibatterici, chelanti, assorbenti di tossine).</p>
<p><strong>LPS</strong> (Alexander &amp; Rietschel, <em>Endotoxin Res</em>, 2012): <strong>endotossina</strong>, componente della parete dei batteri <strong>Gram-negativi</strong>. <em>Cosa fare</em>: contro un carico elevato di batteri LPS → <strong>dieta mediterranea, probiotici e prebiotici</strong>; lo schema di Violi mostra anche urolithin A, fibre vegetali, GLP1/GLP2 e statine come fattori che migliorano la permeabilità (↑ tight junction e ZO1).</p>
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<img src="/campus/assets/slide/slide-focus-microbiota-plus/fig-07-lps-parete.png" alt="Struttura del lipopolisaccaride nella parete dei batteri Gram-negativi">
<figcaption>Il lipopolisaccaride (LPS, "endotossina") è il componente esterno della parete dei batteri Gram-negativi: si colloca nella membrana esterna insieme a fosfolipidi, lipoproteine, peptidoglicano e porine (schema di Alexander & Rietschel).</figcaption>
</figure><h3>7. Sezione 3 del referto — Diversità delle popolazioni microbiche</h3>
<p>La classificazione tassonomica (Life → Domain → Kingdom → Phylum → Class → Order → Family → Genus → Species) è la cornice. Il referto lavora su più livelli.</p>
<ul>
<li><strong>Phyla (istogramma di confronto &quot;soggetto sano&quot; vs &quot;tu&quot;)</strong>. Nell&#39;esempio &quot;sano&quot;: Firmicutes 56,75%, Bacteroidetes 31,62%, Verrucomicrobia 7,16%, Proteobacteria 3,15%, Actinobacteria 0,96%. Nell&#39;esempio patologico &quot;tu&quot;: <strong>Firmicutes 14,68%, Bacteroidetes 65,35%, Proteobacteria 18,98%</strong> (con simbolo di allarme), Actinobacteria 0,24%, Cyanobacteria 0,17%. Il ribaltamento del rapporto e l&#39;esplosione dei Proteobacteria sono un segnale di disbiosi.</li>
</ul>
<figure>
<img src="/campus/assets/slide/slide-focus-microbiota-plus/fig-08-phyla-istogramma.png" alt="Istogramma di confronto dei phyla tra soggetto sano e soggetto in analisi">
<figcaption>Istogramma "soggetto sano vs tu": nel caso in analisi il rapporto è ribaltato (Firmicutes crollati al 14,68%, Bacteroidetes al 65,35%) con un'esplosione dei Proteobacteria al 18,98% segnalata dal simbolo di allarme — un quadro tipico di disbiosi.</figcaption>
</figure><ul>
<li><strong>Rapporto Firmicutes/Bacteroidetes (grafico cartesiano a triangolo)</strong>. I due phyla dominanti coprono circa il 90% della comunità. Il triangolo colloca il soggetto tra &quot;rischio elevato&quot; (rosso), &quot;medio&quot;, &quot;basso&quot; e &quot;stato di equilibrio&quot; (verde), con l&#39;asse Firmicutes che indica incremento dell&#39;efficienza metabolica e l&#39;asse Bacteroidetes la suscettibilità a malattie infiammatorie (es. IBD). Nei due referti il valore di <strong>predisposizione all&#39;infiammazione intestinale</strong> è <strong>1,79</strong> in un caso e <strong>0,22</strong> nell&#39;altro (posizione nel triangolo molto diversa).</li>
</ul>
<figure>
<img src="/campus/assets/slide/slide-focus-microbiota-plus/fig-09-firmicutes-bacteroidetes.png" alt="Grafico a triangolo del rapporto Firmicutes/Bacteroidetes">
<figcaption>Il rapporto Firmicutes/Bacteroidetes su un piano triangolare: l'asse Firmicutes segnala l'efficienza metabolica, l'asse Bacteroidetes la suscettibilità a malattie infiammatorie. Lo "stato di equilibrio" è la zona verde centrale; qui il soggetto (indice 0,22) cade nella fascia rossa a rischio elevato, spostato verso i Bacteroidetes.</figcaption>
</figure><ul>
<li><strong>Biodiversità batterica (Specie) e Indice di biodiversità (indice di Pielou / evenness)</strong>. La tabella specie con <strong>correlazioni cliniche</strong> è uno degli elementi più preziosi.</li>
</ul>
<figure>
<img src="/campus/assets/slide/slide-focus-microbiota-plus/fig-10-specie-correlazioni.png" alt="Tabella delle specie batteriche con quantità percentuale e correlazioni cliniche">
<figcaption>La tabella "Biodiversità Batterica" elenca le specie con la loro quantità % e la correlazione clinica: qui Prevotella copri domina al 46,10% (infiammazione e autoimmunità) e Faecalibacterium prausnitzii, benefico, è crollato allo 0,64% — un caso di disbiosi grave da dominanza di singola specie.</figcaption>
</figure> Esempio 1: *Prevotella copri* 13,3362% (Infiammazione e autoimmunità), *Bacteroides coprocola* 9,8803%, *Faecalibacterium prausnitzii* 8,5772% (Benefico o immunostimolante), *Bacteroides uniformis* 4,1934%, *Bacteroides coprophilus* 3,2992%, *Sutterella wadsworthensis* 2,0539% (Leggermente proinfiammatorio), *Coprococcus eutactus* 1,9249%; **indice di biodiversità 0,28**. Esempio 2 (disbiosi grave): *Prevotella copri* **46,1028%** (dominanza estrema, Infiammazione e autoimmunità), *Prevotella stercorea* 2,9329% (Infiammazione intestinale), *Prevotella multisaccharivorax* 2,3942%, *Mitsuokella multacida* 0,7261%, *Megasphaera elsdenii* 0,7248%, *Succinivibrio dextrinosolvens* 0,6926%, *Faecalibacterium prausnitzii* 0,6367% (crollato). L'indice di Pielou (0–1) misura la **uniformità/evenness**: alta biodiversità **e** nessuna specie troppo prevalente sono entrambe necessarie; la figura "Alpha diversity" mostra il passaggio da comunità monotona a comunità ricca ed equilibrata.
- **Enterotipo** (Nature, 2011): tre grandi gruppi. **B type** (enterotipo 1) → dieta occidentale ricca di grassi e proteine; **P type** (enterotipo 2) → prevalenza di carboidrati (semplici e complessi); **R type** (enterotipo 3) → dieta molto varia, ricca di fibre, spesso con buona biodiversità (ma poco stabile). I referti esempio risultano **B type**.
- **Longevità (Indice di longevità)**: nei due referti **37,53%** e **66,72%**. Basato su Ghosh, Shanahan & O'Toole (*Nat Rev Gastroenterol Hepatol*, 2022): un'elevata biodiversità e la prevalenza di batteri benefici hanno ruolo antiossidante e di prevenzione dell'invecchiamento cellulare. Nell'**invecchiamento precoce (unhealthy ageing)** i **pathobionts** (batteri patogeni/infiammatori) aumentano rapidamente e i **protective taxa** crollano, con più infiammazione e malattie croniche rispetto agli anziani sani.<figure>
<img src="/campus/assets/slide/slide-focus-microbiota-plus/fig-11-longevita-invecchiamento.png" alt="Andamento di pathobionts e protective taxa nell'invecchiamento sano e precoce">
<figcaption>Invecchiamento sano vs precoce (Ghosh et al., 2022): nell'invecchiamento precoce i pathobionts (batteri patogeni/infiammatori) crescono rapidamente e i protective taxa benefici calano, mentre nell'invecchiamento fisiologico sano lo spostamento avviene molto più tardi e in modo graduale.</figcaption>
</figure> La classificazione **G1/G2/G3** è operativa: **G1** diminuisce con l'età (*Faecalibacterium, Roseburia, Coprococcus, Eubacterium rectale, Bifidobacterium, Prevotella*), **G2 e G3** aumentano con l'età; **G1 e G3** = invecchiamento fisiologico sano (G3: *Akkermansia, Christensenellaceae, Odoribacter, Butyricimonas, Butyrivibrio, Barnesiella, Oscillospira*), **G2** = invecchiamento precoce (patogeni/infiammatori: *Eggerthella, B. fragilis, C. difficile, Streptococcus, Enterobacteriaceae*, ecc.). *Cosa fare*: presenza di G2 + carenza G3 → strategie per ripristinare l'eubiosi "a 360°".<h3>8. Sezione 4 del referto — Micronutrienti (benefici e nocivi)</h3>
<p>Alcuni batteri producono sostanze <strong>benefiche</strong>: vitamine dei gruppi A e B (B2, B6, B9, B12), <strong>SCFA</strong> (butirrato, acetato, propionato) ed <strong>esopolisaccaridi</strong> (molecole alla base del biofilm batterico). Altri generano effetti <strong>dannosi</strong>: <strong>LPS</strong> (robusta risposta infiammatoria), <strong>nitriti</strong> e <strong>acido solfidrico</strong> (prodotti tossici di degradazione batterica). Il referto usa tre barre: <strong>Acidi grassi a catena corta / Butirrato 52,36%</strong>, <strong>Esopolisaccaridi 40,02%</strong>, <strong>Lipopolisaccaridi 26,68%</strong> (in un secondo esempio: butirrato 28,56%, esopolisaccaridi 0,00%, LPS 40,02%). La presenza di rare specie produttrici di vitamina A, B2 e B12 è segnalata con una <strong>&quot;stella&quot;</strong>; una grafica a <strong>rettangoli sottili verdi/rossi</strong> indica quante specie producono sostanze benefiche (verdi) o dannose (rosse) — più rettangoli, maggiore la produzione (Vitamine B6/B9, acetato, propionato in verde; nitriti e acido solfidrico in rosso).</p>
<ul>
<li><strong>Esopolisaccaridi</strong> (Halag Chemie AG): favoriscono l&#39;adesione dei batteri all&#39;epitelio → <strong>biofilm</strong>, fanno da barriera contro i patogeni e modulano il sistema immunitario.</li>
<li><strong>LPS nel lume</strong> (Cani et al., <em>Nat Rev Endocrinol</em>, 2016): aumenta la permeabilità, supera la barriera, attiva macrofagi e cellule dendritiche (immunità innata) e provoca rilascio di citochine pro-infiammatorie (TNF-α, IL-1β, IL-23, IL-6) → <strong>endotossiemia metabolica</strong> (attivazione TLR).</li>
<li><strong>Acido solfidrico e nitriti</strong> (<em>Front Oncol</em>, 2021): i <strong>nitriti</strong> diventano <strong>nitrosammine</strong>; H2S e composti azotati danneggiano la mucosa (leaky gut), danneggiano il DNA (addotti, alchilazione) e generano <strong>segnali pro-tumorali</strong>, con calo dell&#39;attività delle NK cell e infiammazione di basso grado.</li>
</ul>
<h3>9. Sezione 5 del referto — Sensibilità (istamina e glutine)</h3>
<p>Il microbiota influenza la gestione di <strong>istamina</strong> e <strong>glutine</strong>. L&#39;istamina aumenta non solo con l&#39;alimentazione ma anche per la presenza di batteri che la producono; chi ha ridotta capacità di degradarla è più soggetto a intolleranze. Referto: <strong>Produzione di istamina 24,99%</strong> (in un altro esempio 33,32%). Si valutano i <strong>batteri produttori di istamina</strong> e quelli <strong>correlati a livelli elevati</strong>. La <strong>Sensibilità al glutine</strong> (<strong>47,60%</strong> nel referto) <strong>non è un test diagnostico</strong>: esprime la correlazione tra sensibilità al glutine e disbiosi intestinale, utile per stimare la personale frequenza di tollerabilità (fino al caso estremo del celiaco).</p>
<h3>10. Sezione 6 del referto — Sistema di difesa (stress ossidativo e immunomodulazione)</h3>
<p>Due indici basati sui batteri protettivi: <strong>Protezione da stress ossidativo 19,04%</strong> (batteri che producono antiossidanti, metabolizzano i polifenoli e attivano resveratrolo, curcumina, fitoestrogeni) e <strong>Modulazione del sistema immunitario 27,80%</strong>. Il concetto-chiave, in grassetto sulla slide: <em>&quot;Abbiamo bisogno di antiossidanti per preservare l&#39;eubiosi, e di eubiosi per metabolizzare i polifenoli&quot;</em> — un circolo virtuoso (o vizioso). Il microbiota è descritto come una <strong>&quot;palestra&quot; per allenare il sistema di difesa</strong>.</p>
<p>Il meccanismo dell&#39;immunomodulazione: i <strong>patogeni</strong> attivano citochine infiammatorie, i <strong>non-patogeni</strong> citochine anti-infiammatorie. Nello schema (opera CC BY-SA 3.0) <em>L. lactis</em> genera segnali deboli e <strong>IL-10</strong> (via Th3/Treg), mentre <em>S. pneumoniae</em> / <em>P. aeruginosa</em> attivano dendritiche, neutrofili e macrofagi (IL-1, IL-6, CXCL8, defensine). A livello molecolare (Nature Immunology, 2005) i <strong>Toll-like receptors (TLR)</strong> con MyD88 possono imboccare la via <strong>pro-infiammatoria</strong> (IRAK → NF-κB → TNF, IL-1β, IL-12) o quella <strong>anti-infiammatoria</strong> (PI3K/Akt che blocca GSK3, &quot;STOP&quot; → CREB → IL-10).</p>
<h3>11. Sezione 7 del referto — Patogeni</h3>
<p>La tabella elenca le specie patogene ricercate con la loro quantità %: nell&#39;esempio <em>Aeromonas hydrophila</em> 0,02076% (⚠), <em>Clostridium scindens</em> 0,10200% (⚠), <em>Salmonella enterica</em> 0,24000% (⚠), oltre a <em>Bacillus cereus, Campylobacter jejuni, Citrobacter freundii, Clostridium difficile, Clostridium perfringens, Fusobacterium nucleatum, Helicobacter pylori, Listeria monocytogenes, Proteus, Staphylococcus aureus, Vibrio cholerae, Yersinia enterocolitica</em> e altri. Causano infezioni e tossinfezioni e rilasciano endotossine. <em>Cosa fare</em>: usare <strong>probiotici competitor</strong> e integratori antibatterici o che stimolano batteri produttori di peptidi antimicrobici. La tabella patogeno → inibitore (Zhao 2020; Gao 2019; Lawrence 2022) fornisce esempi mirati:</p>
<table>
<thead>
<tr>
<th>Patogeno</th>
<th>Inibitori</th>
</tr>
</thead>
<tbody><tr>
<td><em>Clostridium perfringens</em></td>
<td><em>Lactobacillus casei</em> + HMO + <em>Bifidobacterium spp.</em></td>
</tr>
<tr>
<td><em>Fusobacterium nucleatum</em></td>
<td><em>Streptococcus salivarius</em> K12 (orale)</td>
</tr>
<tr>
<td><em>Staphylococcus aureus</em></td>
<td><em>B. infantis</em>, <em>L. acidophilus</em></td>
</tr>
<tr>
<td><em>Listeria monocytogenes</em></td>
<td><em>Bifidobacterium infantis</em> AC-191, <em>L. rhamnosus</em></td>
</tr>
</tbody></table>
<h3>12. Sezione 8 del referto — Metabolismo</h3>
<p>Due misuratori: <strong>Efficienza anabolica 39,96%</strong> (capacità di estrarre calorie dai macronutrienti, scomponendo polisaccaridi non digeribili — rilevante per sportivi e in forte restrizione calorica) e <strong>Metabolismo del glucosio 9,99%</strong>. L&#39;anello di congiunzione è l&#39;<strong>infiammazione cronica di basso grado</strong> (Cani et al., 2016): parti di batteri (LPS, peptidi, DNA) sommate al leaky gut attivano una risposta infiammatoria cronica che nel <strong>tessuto adiposo</strong> aumenta numero e dimensione degli adipociti, e nel <strong>fegato e muscolo</strong> genera <strong>insulino-resistenza e glicemia alterata</strong> (con calo di termogenesi/browning e alterata adipogenesi).</p>
<h3>13. Sezione 9 del referto — Asse intestino-cervello</h3>
<p>Il microbiota gioca un ruolo chiave nei disturbi neurologici (ansia, depressione, stress): i batteri comunicano col cervello producendo molecole immunitarie, neurotrasmettitori e metaboliti. Indici del referto: <strong>Sensibilità allo stress 12,12%</strong> e <strong>Sintesi indoli e chinurenina 33,33%</strong>. La tabella dei batteri dell&#39;asse riporta, ad esempio, <em>Streptococcus spp.</em> 17,4353%, <em>Blautia spp.</em> 5,0000%, <em>Bifidobacterium spp.</em> 1,5000%, <em>Fusobacteria</em> 0,1381%, <em>Enterobacteriaceae</em> 0,0088%, <em>Desulfovibrio spp.</em> 0,0059%.</p>
<p>Il <strong>metabolismo del triptofano</strong> (Agus et al., <em>Cell Host &amp; Microbe</em>, 2018) è il fulcro: il triptofano è precursore della <strong>serotonina</strong> (&quot;ormone della felicità&quot;), ma alcune specie lo &quot;sequestrano&quot; per produrre <strong>indoli</strong>, e altre attivano la <strong>via della chinurenina</strong> con produzione di neurotossine come l&#39;<strong>acido chinolinico</strong> — squilibri che predispongono a disturbi dell&#39;umore. Il microbiota modula inoltre <strong>serotonina, BDNF e GABA</strong> (via nervo vago, cellule EC, SCFA; <em>Cellular Microbiology</em>, 2016). <em>Cosa fare</em>: se il test rileva batteri che attivano la via della chinurenina → <strong>supplementazione di triptofano + Lactobacilli + dieta con crucifere</strong> per riequilibrare le vie biochimiche.</p>
<h3>14. Sezione 10 del referto — Asse intestino-cuore</h3>
<p>Indici: <strong>Protezione cardiovascolare 58,31%</strong>, <strong>Rischio cardiovascolare 0,00%</strong>, <strong>Biosintesi TMAO 0,00%</strong>. I batteri correlati a malattie cardiovascolari agiscono su ostruzione delle coronarie, ipertensione, dislipidemie. Due meccanismi:</p>
<ul>
<li><strong>TMAO (ossido di trimetilammina)</strong>, Zhang et al. (<em>Cardiol Plus</em>, 2021) e Arias et al. (<em>Nutrients</em>, 2020): la dieta ricca di <strong>colina, betaina, L-carnitina</strong> (uova, carne rossa, fegato) viene trasformata dal microbiota in <strong>TMA</strong> (via choline-TMA lyase di <em>Firmicutes</em> e <em>Proteobacteria</em>, o carnitine oxygenase), poi ossidata dall&#39;<strong>FMO epatico</strong> in <strong>TMAO</strong>, fattore di rischio per <strong>placche aterosclerotiche, infarto e trombosi</strong>. <strong>Attenzione</strong>: vegetariani, vegani, donne in gravidanza e in allattamento spesso non soddisfano il fabbisogno di colina — l&#39;equilibrio è delicato in entrambe le direzioni.</li>
</ul>
<figure>
<img src="/campus/assets/slide/slide-focus-microbiota-plus/fig-12-tmao-pathway.png" alt="Via metabolica di produzione del TMAO da colina e L-carnitina">
<figcaption>Metabolismo del TMAO (Arias et al., 2020): colina e L-carnitina della dieta vengono convertite in TMA dal microbiota (choline-TMA lyase di Firmicutes/Proteobacteria, carnitine oxygenase), poi il TMA è ossidato dall'FMO epatico in TMAO, fattore di rischio per aterosclerosi, infarto e trombosi.</figcaption>
</figure>
- **Endotossiemia e aterotrombosi**, Violi et al. (2022): studi sperimentali mostrano che l'**LPS è presente nelle arterie aterosclerotiche ma non in quelle normali**. Le due condizioni necessarie sono **sindrome leaky gut** + **presenza di LPS**: l'LPS trasloca nella circolazione portale, in parte è degradato dal fegato (acyloxyacyl hydrolase, fosfatasi alcalina), ma la quota residua attiva il **TLR4** sulle placche innescando infiammazione, rottura/erosione della placca, attivazione della coagulazione, formazione di NET e trombi.<h3>15. Sezioni 11-13 del referto — Pelle, vie urinarie, disturbi gastrici</h3>
<ul>
<li><strong>Infiammazione cutanea</strong>: pelle e intestino sono collegati da un asse di molecole segnale e cellule immunitarie; il <strong>microbiota cutaneo è interconnesso a quello intestinale</strong>. Indice <strong>Dermatiti 14,80%</strong>, con l&#39;avvertenza di <strong>leggere tutto il report, non solo questo indice</strong>.</li>
<li><strong>Vie urinarie</strong>: la disbiosi può favorire <strong>cistite</strong> (traslocazione di batteri dall&#39;intestino alle vie urinarie, <strong>19,98%</strong>) e <strong>calcoli renali</strong> (batteri implicati nel metabolismo dei calcoli di ossalato di calcio, <strong>44,48%</strong>).</li>
<li><strong>Disturbi gastrici</strong>: la disbiosi, specie con sovracrescita di batteri fermentativi, può causare <strong>gastrite</strong>. Il referto guarda <em>Helicobacter pylori</em> e <em>Lactobacillus acidophilus</em> e l&#39;indice <strong>Acidità di stomaco 0,00%</strong>.</li>
</ul>
<h3>16. Sezione 14 del referto — Micobioma, viroma e parassiti (il &quot;PLUS&quot; di ALLGUT)</h3>
<p>È la parte che distingue ALLGUT dai test solo-batterici.</p>
<ul>
<li><strong>Funghi (micobioma)</strong>: la maggior parte delle pubblicazioni NGS riguarda i batteri e l&#39;estrazione del DNA fungino è difficile (parete resistente); i miceti d&#39;interesse clinico sono però facilmente coltivabili su piastra. Generi ricercati: <em>Aspergillus spp.</em>, <em>Candida spp.</em>, <em>Malasezia spp.</em>, <em>Penicillum spp.</em> (nell&#39;esempio Aspergillus e Malasezia risultano presenti/rossi). A livello di specie il referto include un <strong>antimicogramma</strong>: sensibilità delle specie di <em>Candida</em> (<em>albicans, dubliniensis, glabrata, krusei, parapsilosis, tropicalis</em>) ai vari azoli (clotrimazolo, econazolo, fluconazolo, ketoconazolo, itraconazolo, miconazolo) — informazione operativa per orientare l&#39;eventuale trattamento.</li>
<li><strong>Virus (viroma)</strong>: <em>Adenovirus</em>, <em>Norovirus</em>, <em>Rotavirus</em> (ricerca ELISA antigene-anticorpo).</li>
<li><strong>Parassiti</strong>: ampio pannello (via terreni selettivi e microscopia) — <em>Entamoeba histolytica/dispar/coli/hartmanni</em>, <em>Endolimax nana</em>, <em>Iodamoeba butschlii</em>, <em>Giardia duodenalis</em>, <em>Dientamoeba fragilis</em>, <em>Balantidium coli</em>, <em>Cryptosporidium spp.</em>, <em>Cyclospora cayetanensis</em>, <em>Cystoisospora belli</em>, <em>Enterobius vermicularis</em>, <em>Strongyloides stercoralis</em>, <em>Ascaris lumbricoides</em>, <em>Trichuris trichiura</em>, <em>Necator americanus</em>, <em>Ancylostoma spp.</em>, <em>Taenia saginata/asiatica/solium</em> e altri.</li>
</ul>
<h3>17. Sintesi conclusiva: cosa dà il test e quando consigliarlo</h3>
<p>L&#39;ultima parte ricapitola le informazioni ottenibili: grado di <strong>disbiosi</strong>, carenza di batteri benefici, presenza di patogeni/pro-infiammatori, squilibrio di pochi batteri sugli altri e presenza di batteri/funghi/parassiti/virus che predispongono ad allergie e autoimmunità, patologie metaboliche, <strong>IBD</strong>, <strong>IBS</strong>, patologie cardiovascolari e squilibri dell&#39;umore. <strong>Quando consigliarlo</strong>: sintomi intestinali senza diagnosi certa, intolleranze/allergie, infiammazione cronica di basso grado, difficoltà a perdere peso, prevenzione, affiancamento a terapie farmacologiche, disturbi dell&#39;umore.</p>
<h2>Protocolli e azioni pratiche</h2>
<p><strong>Se il referto mostra barriera debole / leaky gut (Sezione 1, alta permeabilità):</strong></p>
<ul>
<li><input disabled="" type="checkbox"> Aumentare le <strong>fibre</strong> per stimolare i batteri butirrato-produttori (SCFA → energia enterociti + tight junction).</li>
<li><input disabled="" type="checkbox"> Aumentare i <strong>polifenoli</strong> (crescita di lattobacilli/bifidobatteri; EGCG contro <em>Staphylococcus</em>/<em>E. coli</em>).</li>
<li><input disabled="" type="checkbox"> Inserire <strong>crucifere + alimenti ricchi di triptofano + lattobacilli</strong> (indoli → AhR → peptidi antimicrobici + tight junction).</li>
</ul>
<p><strong>Se il referto segnala zonulina / sensibilità al glutine (Sezioni 1 e 5):</strong></p>
<ul>
<li><input disabled="" type="checkbox"> Inserire <em>L. rhamnosus</em> e <em>L. fermentum</em> (degradano i peptidi immunogenici del glutine).</li>
<li><input disabled="" type="checkbox"> Ridurre il glutine nella dieta.</li>
<li><input disabled="" type="checkbox"> Strategie per abbattere i patogeni (antibatterici, chelanti, assorbenti di tossine).</li>
</ul>
<p><strong>Se il referto rileva LPS elevato (Sezioni 4 e 10):</strong></p>
<ul>
<li><input disabled="" type="checkbox"> <strong>Dieta mediterranea, probiotici e prebiotici</strong> (fibre vegetali, urolithin A); ↑ tight junction e ZO1.</li>
</ul>
<p><strong>Se il referto mostra patogeni (Sezione 7):</strong></p>
<ul>
<li><input disabled="" type="checkbox"> <strong>Probiotici competitor specifici</strong> (es. <em>L. casei</em> + HMO + <em>Bifidobacterium</em> contro <em>C. perfringens</em>; <em>S. salivarius</em> K12 contro <em>F. nucleatum</em>; <em>B. infantis</em>/<em>L. acidophilus</em> contro <em>S. aureus</em>; <em>B. infantis</em> AC-191/<em>L. rhamnosus</em> contro <em>L. monocytogenes</em>).</li>
</ul>
<p><strong>Se il referto segnala via chinurenina attiva / stress (Sezione 9):</strong></p>
<ul>
<li><input disabled="" type="checkbox"> <strong>Supplementazione di triptofano + Lactobacilli + crucifere</strong> per riequilibrare serotonina/indoli/chinurenina.</li>
</ul>
<p><strong>Se il referto indica invecchiamento precoce (Sezione 3, longevità):</strong></p>
<ul>
<li><input disabled="" type="checkbox"> Presenza di batteri <strong>G2</strong> + carenza <strong>G3</strong> → strategie per ripristinare l&#39;eubiosi &quot;a 360°&quot;.</li>
</ul>
<p><strong>Regole di lettura del referto:</strong></p>
<ul>
<li><input disabled="" type="checkbox"> Attenzione alle <strong>scale di colore invertite</strong>: per gli indici protettivi il verde è &quot;alto/buono&quot;, per quelli di rischio (permeabilità, LPS, cistite, TMAO, rischio cardiovascolare) il verde è &quot;basso/buono&quot;.</li>
<li><input disabled="" type="checkbox"> Nessun indice va letto da solo: <strong>guardare tutto il report</strong>, perché gli assi si condizionano a vicenda (es. dermatiti dipendono dal quadro intestinale complessivo).</li>
<li><input disabled="" type="checkbox"> Verificare la <strong>dominanza di singole specie</strong> (es. <em>Prevotella copri</em> dal 13% al 46%): la sola percentuale alta di una specie è già un marcatore di disbiosi anche a parità di numero totale di specie.</li>
</ul>
<h2>Glossario</h2>
<ul>
<li><strong>Microbiota</strong>: insieme dei microrganismi (batteri, archaea, funghi, parassiti, virus) simbionti dell&#39;organismo.</li>
<li><strong>Microbioma</strong>: insieme dei geni del microbiota (circa 100× i geni umani); condiviso solo al 70% tra individui.</li>
<li><strong>Metagenomica</strong>: studio simultaneo del DNA di molte specie di una comunità, contrapposto alla genomica del singolo organismo.</li>
<li><strong>NGS (Next Generation Sequencing)</strong>: sequenziamento ad alto rendimento che rileva anche microrganismi non coltivabili.</li>
<li><strong>Disbiosi / Eubiosi</strong>: alterazione / equilibrio della comunità microbica intestinale.</li>
<li><strong>Tight junction (giunzioni serrate)</strong>: complessi proteici (claudine, occludina, ZO1/ZO2, JAM) che sigillano lo spazio tra gli enterociti.</li>
<li><strong>Leaky gut (permeabilità intestinale)</strong>: allentamento delle tight junction che lascia passare sostanze dannose nel sangue.</li>
<li><strong>SCFA (acidi grassi a catena corta)</strong>: butirrato, acetato, propionato; il butirrato nutre gli enterociti e sostiene la barriera.</li>
<li><strong>Esopolisaccaridi</strong>: molecole batteriche che formano il biofilm, fanno barriera ai patogeni e modulano l&#39;immunità.</li>
<li><strong>LPS (lipopolisaccaride / endotossina)</strong>: componente della parete dei Gram-negativi; pro-infiammatorio (via TLR4).</li>
<li><strong>Zonulina</strong>: proteina che, legandosi ai recettori PAR2/EGFR, apre le tight junction (stimolata da glutine, disbiosi, patogeni).</li>
<li><strong>Indoli / AhR</strong>: metaboliti di triptofano e crucifere che, legando il recettore per gli idrocarburi arilici, attivano difese e peptidi antimicrobici.</li>
<li><strong>Polifenoli</strong>: composti vegetali che favoriscono i batteri benefici e hanno azione antibatterica.</li>
<li><strong>Rapporto Firmicutes/Bacteroidetes</strong>: indicatore di equilibrio/disbiosi e di efficienza metabolica vs suscettibilità infiammatoria.</li>
<li><strong>Indice di Pielou (evenness)</strong>: misura (0–1) della uniformità con cui le specie sono distribuite.</li>
<li><strong>Enterotipo (B/P/R type)</strong>: classificazione della comunità intestinale in base al pattern dietetico prevalente (grassi-proteine / carboidrati / fibre).</li>
<li><strong>Pathobionts / Protective taxa</strong>: batteri potenzialmente dannosi vs protettivi, il cui bilancio cambia con l&#39;invecchiamento sano o precoce.</li>
<li><strong>TMAO (ossido di trimetilammina)</strong>: metabolita derivato da colina/carnitina via TMA, fattore di rischio cardiovascolare.</li>
<li><strong>Endotossiemia metabolica</strong>: infiammazione sistemica di basso grado da traslocazione di LPS nel sangue.</li>
<li><strong>Via della chinurenina</strong>: percorso alternativo del triptofano che sottrae serotonina e può produrre neurotossine (acido chinolinico).</li>
<li><strong>Antimicogramma</strong>: test di sensibilità dei funghi (es. <em>Candida</em>) agli antimicotici azolici.</li>
<li><strong>symbyo ALLGUT</strong>: pannello NGS di Personal Next che analizza batteri, micobioma, viroma e parassiti.</li>
</ul>
<h2>Domande di autoverifica</h2>
<ol>
<li>Qual è la differenza tra microbiota e microbioma, e perché il dato &quot;70% condiviso&quot; è rilevante per la medicina di precisione?</li>
<li>Perché la ricerca sul microbiota è esplosa dagli anni 2000? Quale limite della coltura su piastra ha superato l&#39;NGS (con le due percentuali citate)?</li>
<li>Da cosa dipende l&#39;integrità della barriera intestinale, e come si legge la differenza tra i due indici &quot;Protezione/Effetto barriera&quot; e &quot;Permeabilità intestinale&quot; nel referto (comprese le scale di colore)?</li>
<li>Quali fattori serrano le tight junction e quali le aprono, secondo lo schema di Violi et al.? Associa ciascuno a un&#39;azione dietetica.</li>
<li>Come si rilascia la zonulina e quali batteri/condizioni la stimolano? Quali probiotici sono indicati in presenza di sensibilità al glutine?</li>
<li>Che cosa raccontano l&#39;istogramma Phyla &quot;soggetto sano vs tu&quot; e il triangolo Firmicutes/Bacteroidetes su un caso di disbiosi?</li>
<li>Che cosa misura l&#39;indice di Pielou e perché &quot;tanti batteri&quot; da soli non bastano a definire un intestino sano? Cita il caso di <em>Prevotella copri</em> al 46%.</li>
<li>Descrivi i gruppi G1/G2/G3 di Ghosh et al. e come si legano a invecchiamento fisiologico vs precoce.</li>
<li>Illustra la catena disbiosi → leaky gut → infiammazione cronica di basso grado → patologie metaboliche/cardiovascolari, citando LPS e TMAO.</li>
<li>In cosa consiste il &quot;PLUS&quot; di ALLGUT rispetto ai test solo-batterici, e a cosa serve l&#39;antimicogramma delle <em>Candida</em>?</li>
</ol>
<h2>Spunti di approfondimento</h2>
<ul>
<li><strong>Schroeder &amp; Bäckhed</strong> (<em>Nature Medicine</em> 22, 1079–1089, 2016): segnali dal microbiota intestinale agli organi distanti.</li>
<li><strong>Violi et al.</strong> (<em>Nature Reviews Cardiology</em>, 2022): endotossiemia di basso grado gut-derived, aterotrombosi e tight junction (schema ricorrente del deck).</li>
<li><strong>Cani et al.</strong> (<em>Nature Reviews Endocrinology</em> 12, 133–143, 2016): LPS, endotossiemia metabolica e infiammazione dell&#39;adiposo.</li>
<li><strong>Ghosh, Shanahan &amp; O&#39;Toole</strong> (<em>Nat Rev Gastroenterol Hepatol</em> 19, 565–584, 2022): microbioma come modulatore dell&#39;invecchiamento sano (gruppi G1/G2/G3).</li>
<li><strong>Agus et al.</strong> (<em>Cell Host &amp; Microbe</em> 23.6, 2018): regolazione microbica del metabolismo del triptofano (serotonina / chinurenina / indoli).</li>
<li><strong>Martin-Gallausiaux et al.</strong> (<em>Proc Nutr Soc</em>, 2021): funzioni del butirrato e degli SCFA.</li>
<li><strong>De Juan &amp; Segura</strong> (<em>Front Immunol</em> 12, 2021): ligandi nutrizionali del recettore AhR e indoli.</li>
<li><strong>Wang, Qi &amp; Zheng</strong> (<em>Antioxidants</em> 11, 1212, 2022): polifenoli, microbiota e benefici per la salute.</li>
<li><strong>Jauregi-Miguel</strong> (<em>Int Rev Cell Mol Biol</em> 358, 2021): tight junction e barriera epiteliale nella celiachia (zonulina).</li>
<li><strong>Zhang et al.</strong> (<em>Cardiol Plus</em> 2021) e <strong>Arias et al.</strong> (<em>Nutrients</em> 12(8):2340, 2020): asse microbiota–TMAO e rischio cardiovascolare.</li>
<li><strong>Bendriss et al.</strong> (2021): andamento storico delle pubblicazioni sul microbiota.</li>
<li><strong>Report symbyo ALLGUT / Personal Next – Precision Medicine</strong>: struttura delle 14 sezioni come traccia operativa per la refertazione.</li>
</ul>
<hr>
<p><em>Nota di qualità: valori percentuali, nomi di specie e citazioni bibliografiche sono ripresi direttamente dai referti e dalle didascalie delle slide; refusi e storpiature OCR (es. &quot;Bioiversità&quot;, &quot;Micobioma&quot;, &quot;Penicillum&quot;, &quot;Malasezia&quot;, &quot;hystolytica&quot;) sono stati normalizzati alla forma corretta dove certo, mantenendo il dato originale quando parte del referto.</em></p>